Importância de Yersinia enterocolitica em microbiologia médica

Y. enterocolitica is a human invasive enteropathogen which causes a number of intestinal and extraintestinal clinical symptoms of various degrees of severity, ranging from mild gastroenteritis to mesenteric lymphadenitis, which mimics appendicitis and in rare cases can evolve to septicemia. Infection by Y. enterocolitica can also lead to post-infection immunological sequelae including arthritis, erythema nodosum and glomerulonephritis. Pathogenic Y. enterocolitica strains have traditionally been linked to specific biotypes and serogroups and associated to a variety of phenotypic characteristics related to virulence. Molecular genetics studies have pointed to the importance of the pYV virulence plasmid, which encodes various virulence genes, as well that of specific chromosomal virulence genes, in determining the pathogenesis of this bacterium. Intestinal infections by Y. enterocolitica are mostly self-limiting and usually do not need an antibiotic treatment. The occurrence of this microorganism is not as frequently described in Brazil as it is in other countries, such as Japan, USA and many European countries. This review focuses on the general characteristics, pathogenesis, clinical symptoms, virulence characteristics, treatment and antibiotic susceptibility of Yersinia enterocolitica strains isolated in Brazil and around the world.

Modelo cinético estocástico para a transcrição considerando colisões entre as moléculas de RNA polimerase

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Quantitative RNA-seq analysis of the campylobacter jejuni transcriptome

Campylobacter jejuni is the most common bacterial cause of foodborne disease in the developed world. Its general physiology and biochemistry, as well as the mechanisms enabling it to colonize and cause disease in various hosts, are not well understood, and new approaches are required to understand its basic biology. High-throughput sequencing technologies provide unprecedented opportunities for functional genomic research. Recent studies have shown that direct Illumina sequencing of cDNA (RNA-seq) is a useful technique for the quantitative and qualitative examination of transcriptomes. In this study we report RNA-seq analyses of the transcriptomes of C. jejuni (NCTC11168) and its rpoN mutant. This has allowed the identification of hitherto unknown transcriptional units, and further defines the regulon that is dependent on rpoN for expression. The analysis of the NCTC11168 transcriptome was supplemented by additional proteomic analysis using liquid chromatography-MS. The transcriptomic and proteomic datasets represent an important resource for the Campylobacter research community. © 2011 SGM.

Structural proteins of enveloped virus : from biochemistry to molecular medicine : a focus on dengue virus

Tese de doutoramento, Ciências Biomédicas (Bioquímica Médica), Universidade de Lisboa, Faculdade de Medicina, 2016

Interplay of Exoribonucleases, Hfq and Small RNAs Structural Determinants in the Control of Gene Expression

Dissertation presented to obtain the Ph.D degree in Biology

Produção, purificação e ação antimicrobiana do extrato fúngico do Trichosporon asahii

Pós-graduação em Microbiologia - IBILCE

Inibição do vírus da hepatite C utilizando siRNAs direcionados para o genoma viral e proteínas celulares Hsps

Pós-graduação em Microbiologia - IBILCE

Estudos funcionais da rgs-CaM, uma calmodulina envolvida na supressão de silenciamento por RNA

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Análise do efeito in vitro de acridonas na replicação do Vírus da Hepatite C

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Caracterización de SNP de susceptibilidad en dos microRNA relacionados con la esclerosis múltiple

La esclerosis múltiple es una enfermedad crónica autoinmune y desmielinizante del sistema nervioso central caracterizada por las lesiones o placas escleróticas que presentan sus pacientes. Estas placas se forman como consecuencia de una desmielinización focal aguda e inflamatoria asociada a una posible pérdida axonal con una posterior remielinización.La función de estas moléculas de RNA, compuestas por 22 nucleótidos aproximadamente, es regular la expresión génica, bien degradando el mRNA, o bien inhibiendo su traducción. Diversos estudios han demostrado que los miRNA, están implicados en muchos procesos biológicos, tales como el desarrollo, diferenciación, regulación de células madre, proliferación y muerte celular, desarrollo y función de las células del sistema inmune, etc. Este trabajo pretende analizar si genes de miRNA podrían estar ligados a la esclerosis múltiple.

Investigação de alterações em genes de microRNAs expressos no cérebro como causa de deficiência intelectual ligada ao cromossomo X

A Deficiência Intelectual (DI) é uma condição definida como um funcionamento intelectual significativamente prejudicado, expresso juntamente com limitações em pelo menos duas áreas do comportamento adaptativo que se manifestam antes dos 18 anos de idade. A prevalência estimada da DI na população em geral é de 2-3% e um número expressivo de casos permanece sem um diagnóstico definitivo. Há um consenso geral de que a DI é mais comum em indivíduos do sexo masculino em relação aos do sexo feminino. Entre as explicações para este excesso está a concentração de genes específicos para a habilidade cognitiva no cromossomo X. MicroRNAs (miRNAs) são pequenas moléculas de RNA não codificador que modulam a expressão gênica pós-transcricional de RNAs mensageiros alvo. Recentemente, estudos têm demonstrado a importância essencial dos miRNAs para o desenvolvimento e funcionamento cerebrais e sabe-se que o cromossomo X tem uma alta densidade de genes de miRNAs. Neste contexto, os miRNAs são candidatos potenciais como fatores genéticos envolvidos na Deficiência Intelectual Ligada ao X (DILX). Neste estudo, foram analisadas as regiões genômicas de 17 genes de miRNAs expressos no cérebro localizados no cromossomo X, com o objetivo de investigar o possível envolvimento de variantes na sequência destes miRNAs na DILX. Para este fim, selecionamos amostras de DNA genômico (sangue periférico) de 135 indivíduos do sexo masculino portadores de DI sugestiva de DILX de um grupo de mais de 1.100 pacientes com DI encaminhados ao Serviço de Genética Humana da UERJ. O critério de inclusão para este estudo era de que os probandos apresentassem um ou mais parentes do sexo masculino afetados pela DI que fossem interligados por via materna. As amostras de DNA dos pacientes foram amplificadas utilizando a técnica de reação em cadeia da polimerase, seguida por purificação e sequenciamento direto pelo método de Sanger dos fragmentos amplificados. Para avaliar a conservação dos 17 miRNAs foi realizada uma análise filogenética in silico incluindo sequências dos miRNAs selecionados de humanos e de outras 8 espécies de primatas estreitamente relacionadas. Não foram encontradas alterações nas sequências nos genes de 17 miRNAs analisados, mesmo diante do padrão genético altamente heterogêneo da população brasileira. Adicionalmente, a análise filogenética destes miRNAs revelou uma alta conservação entre as espécies comparadas. Considerando o papel dos miRNAs como reguladores da expressão gênica, a ausência de alterações e a alta conservação entre primatas sugerem uma forte pressão seletiva sobre estas moléculas, reforçando a sua importância funcional para o organismo em geral. Apesar de não termos encontrado variantes de sequência nos miRNAs estudados, o envolvimento de miRNAs na DI não pode ser completamente descartado. Alterações fora da molécula de miRNA precursor, nos fatores de processamento, nos sítios alvo e variações no número de cópias de genes de miRNAs podem implicar em alteração na expressão dos miRNAs e, consequentemente, na funcionalidade do miRNA maduro. Sendo assim, uma análise sistemática da expressão de miRNAs em pacientes com DILX é urgentemente necessária, a fim de desvendar novos genes/mecanismos moleculares relacionados a esta condição.

Caractérisation des mécanismes d’action du microARN 169 chez Arabidopsis thaliana

Dissertação de mest., Engenharia Biológica, Faculdade de Ciências e Tecnologia, Univ. do Algarve, 2011

Identification and molecular characterization of bone-related micrornas: functional implications

Tese de doutoramento, Ciências Biomédicas, Departamento de Ciências Biomédicas e Medicina, Universidade do Algarve, 2014

Caracterização do papel do gene bola: consequências na motilidade bacteriana e formação de biofilmes

Dissertação para obtenção do Grau de Mestre em Microbiologia Médica

Comportamento biológico "in vitro" de "novas espécies" de Leishmania no Velho Mundo

As leishmanioses são um grupo de doenças causadas pelo parasita protozoário Leishmania sp. Na Bacia mediterrânica, Leishmania infantum, é a principal espécie causadora de leishmaniose visceral, a forma mais severa da doença, sendo L. major um dos agentes etiológicos da leishmaniose cutânea. Apesar de se considerar que estes parasitas têm uma reprodução essencialmente clonal, nos últimos 20 anos tem vindo a ser descrita a recombinação genética entre diferentes estirpes e espécies, com ocorrência de híbridos naturais, quer no Velho quer no Novo Mundo. Recentemente, em Portugal, foram isoladas e identificadas pela primeira vez, estirpes híbridas de L. infantum/L. major. O presente estudo teve como principais objetivos, a pesquisa de “novas espécies” de Leishmania e a análise do comportamento “in vitro” de estirpes parentais e híbridas de L. infantum e L. major. Numa primeira parte do trabalho efetuou-se a cultura e pesquisa de DNA de Leishmania sp., em amostras de sangue medular de 229 cães provenientes de uma região endémica de Portugal, utilizando diferentes marcadores moleculares (kDNA, ITS1 e SSU rRNA) e protocolos de PCR. Não foi encontrado DNA de espécies híbridas, tendo-se no entanto, identificado DNA de Leishmania sp. em 45,85% (105/229) das amostras, incluindo cães sem sinais clínicos. Na segunda parte do trabalho, realizaram-se diversos ensaios “in vitro” com estirpes híbridas naturais L. infantum/L. major e parentais L. infantum e L. major. Em condições normais de crescimento, observou-se um padrão de crescimento distinto para cada estirpe estudada. Em condições de “stress” oxidativo, destacou-se uma diferença significativa entre as duas estirpes híbridas estudadas. Em condições de “stress” nutricional, as estirpes não apresentaram diferenças entre si. Após avaliação da suscetibilidade das estirpes na presença de Anfotericina B, todas se mostraram suscetíveis, com concentrações inibitórias (CI50) entre 0.21 e 1.15 μg/mL. Após infeção em linhas celulares monocíticas, não se verificaram diferenças estatisticamente significativas na taxa e intensidade de infeção das estirpes híbridas em comparação às putativas parentais. Os resultados obtidos, contribuíram para um melhor conhecimento sobre o comportamento biológico destas estirpes híbridas naturais L. infantum/L. major. Estas demonstraram um comportamento “in vitro” intermédio, relativamente às estirpes parentais. Estes resultados poderão servir de base para o desenvolvimento de outros estudos com estas “novas espécies”, nomeadamente estudos de patogenicidade “in vivo” e o papel de biomarcadores de virulência, que permitam um potencial prognóstico da infeção e avaliação do seu risco epidemiológico.